《秘密入侵》的第6集带来了系列的结局，为未来的漫威电影宇宙留下了很多未解之谜。《秘密入侵》的中心故事聚焦在尼克·弗瑞返回地球，以阻止由格拉维克率领的一群斯克鲁尔秘密侵占地球。在此过程中，弗瑞与《惊奇队长》中的塔洛斯、吉亚，以及MI6的索尼娅·法尔斯沃斯展开了合作。

弗瑞、吉亚和索尼娅设法击败了格拉维克及其手下。通过阻止格拉维克试图挑起大国间的战争，弗瑞成功阻止斯克鲁尔的渗透目标。然而，格拉维克的袭击造成的后果，意味着结局仍旧留下了很多未定之事，许多问题可能要等到未来的故事来解答。

罗斯何时被斯克鲁人取代？

虽然关于罗迪何时被斯克鲁人取代也有一些模糊，但大部分人认为他是从《美国队长3：内战》后就被取代了。然而，《秘密入侵》中还揭示了埃弗雷特·罗斯也被斯克鲁人取代。只是不清楚这个角色又是什么时候被取代的。

《秘密入侵》第6集没有提供答案，罗斯在新斯克鲁洛斯醒来，询问罗迪他在这里多久了，罗迪没有回答他。

索尼娅和吉亚找到的人是谁？

《秘密入侵》的另一个未解之谜涉及索尼娅·法尔斯沃斯和吉亚的合作。他们发现了一个地下洞穴，里面有成百上千的人类。这些人类被放在某种担架上，并用斯克鲁尔技术覆盖。其中一个囚犯看起来像埃文·彼得斯饰演的"快银"，这暗示与《旺达与幻视》有重要联系。

剧集没有揭示这些人到底是谁，但可以肯定这些被囚禁的人可能仍在外面，并且是格拉维克的追随者，暗示地球的入侵并没有结束。是否真的是这种情况，现在未知。

其余斯克鲁人去哪了？

《秘密入侵》第6集中，吉亚和格拉维克的最后一战发生在新斯克鲁洛斯。但后来只有格拉维克出现在基地中，他的追随者都不见了。格拉维克残暴的性格可能会让其余斯克鲁人离开，但第6集没有明确，其余人去哪里了现在是个谜。

人类会以所有外星人为敌吗？

第6集的结局里特森总统宣布对地球上所有外星生物宣战，这引发了另一个问题，是否地球上的每个外星种族都包含在其中，或者只是针对斯克鲁人。

毕竟，漫威电影宇宙的许多人，甚至包括英雄，都来自外星。雷神和阿斯加德人目前就在挪威居住。希望未来的漫威故事能澄清这一外星人的范围，或者明确里特森指的只有斯克鲁人。

克里人为何愿意与斯克鲁人谈判？

第6集中出现了一个《惊奇队长》的彩蛋，尼克·弗瑞表示克里人愿意与斯克鲁人进行和平谈判。这是指《惊奇队长》电影中克里与斯克鲁尔战争的情节，正是这场战争导致了斯克鲁人流离失所。弗瑞透露，经过30多年的战争，克里人愿意与斯克鲁尔进行和平谈判。然而，《秘密入侵》未解释为何克里人现在愿意进行和平谈判。这在马上的《惊奇队长2》中或许会有解释。

索尼娅和吉亚什么时候再出现？

《秘密入侵》结局预示着索尼娅和吉亚未来的合作。索尼娅打算为吉亚提供信息和物资，因为人类已经对斯克鲁人宣战。但结局并没有提供索尼娅和吉亚未来可能出现的线索。漫威电影宇宙在引入埃罗斯、赫拉克勒斯或斯卡尔等新角色时，总是留下这些疑问，使得最近的作品看起来越来越零散。

里特森是否与《美队4》有关？

在哈里森·福特宣布加盟《美国队长4：美丽新世界》的阵容时，已确认他将扮演克雷特·罗斯，并且这个角色这次会以美国总统的身份登场。但截至《秘密入侵》结束时，里特森仍在担任总统。当弗瑞称里特森对斯克鲁人宣战的选择是“一任总统”的决定时，可能暗示着罗斯会在不久的将来成为美国总统，当然这必须在未来解释了。

吉亚现在有多强大？

吉亚在成为超级斯克鲁人后，究竟有多强大呢？虽然她拥有了螳螂女的心灵感应和惊奇队长的光之力等强大能力，但剧集并没有明确说明她被灌注的其他DNA样本对她会产生多大影响。吉亚被灌注了诸如灭霸、雷神和女武神瓦尔基里等强大的DNA样本，这可能使她成为了宇宙中最强大的存在。不过《秘密入侵》对她的巨大力量只是轻描淡写而过，没有详细证明。

复仇者联盟知道收获计划吗？

《秘密入侵》的点睛之笔是收获计划，这是格拉维克利用每个复仇者的DNA制造超级斯克鲁人的样本。不过剧集没有明确复仇者是否会发现这一计划。复仇者肯定难以接受弗瑞拥有他们的DNA，更难以接受这些样本被用来毁灭世界。《秘密入侵》没有解答这一点，也成了未来故事要解答的问题。

瓦拉会再次出现吗？

《秘密入侵》的结局中，弗瑞带着妻子瓦拉回到了太空站，这引发了一个问题：瓦拉会继续在漫威宇宙中出现吗？瓦拉表示她会和弗瑞一起去太空，但只是短暂的停留后就回到地球。漫威宇宙可能会出现时间跳跃，瓦拉回到地球不再出现，或者在故事中仍有延续。《秘密入侵》也没有明确，甚至暗示这个问题。