男主杰克的孪生哥哥科学家汤姆死于抢劫，所以双腿瘫痪的前海军陆战队队员杰克，被送到潘多拉星球以代替汤姆操控造价高昂的阿凡达。阿凡达是融合了人类和纳威人DNA的产物，人类在连接后即可操纵与自身对应的纳威人。潘多拉星球上的人类有两类，一类雇佣兵，以上校为代表，还有一类是科学家，以格雷西2021年黑龙江卫视春节联欢晚会为代表，他们都为地球的某家大公司工作。企业为了利益挖掘超导矿石，而最大的超导矿位于纳威人的宗教信仰：灵魂树下。

在故事发生之前，植物学家格雷西通过阿凡达，在潘多拉建立了学校，教纳威人英语和其他知识，也为了了解纳威人的生活习性，以期能通过合作或谈判，解决纳威人与人类的利益冲突，然而文化差异使得和谐愿景希望渺茫。

杰克的阿凡达在一次任务中遭遇野怪，在逃亡过程中与格雷西诺曼两人失散。天黑后，格雷西不得不放弃搜索，留下杰克独自在森林中：“他不可能撑过这个夜晚。”然而杰克偶遇了部落首领之女妮特利，当妮特利潜伏准备用弓箭射杀杰克时，圣树的种子停留在了妮特利的手上，妮特利将其视为圣母爱娃的启示，没有出手，并在杰克遭遇狼群时救了杰克。

杰克向妮特利寻求帮助，遭到妮特利的拒绝，然而圣树再次显灵，所有种子飘向杰克将他包围起来，这次妮特利没有犹豫，直接将杰克带回了部落。经过一系列的争吵，妮特利的母亲决定让妮特利教导杰克。

回到人类基地，得知杰克已经进入纳威人部落，上校命令他打入部落，获取信息。并给他三个月时间，三个月后，如果纳威人仍不愿让步，他将开战占领灵魂树。同时他许诺，如果任务完成出色，他将帮忙解决杰克双腿治疗经费的问题。杰克也向上校等人剖析了纳威人居住地大树的具体结构。

日复一日，杰克慢慢掌握了纳威人的本领，然而这一个月的时间让他产生了身份危机。“一切都颠倒过来了，仿佛那边才是真实的，现实只是晚一场梦。”同时，他慢慢明白，由于信仰，纳威人绝不可能将灵魂树让给人类挖掘，战争不可避免。上校得知后告诉杰克他的任务已经完成，杰克提供的情报将使人类处于绝对主动，杰克可以返回地球并治好双腿。然而杰克告诉他，他还有一个仪式没有完成，那个仪式能让他成为真正的纳威人，赢得纳威人的信任。上校表露出不快，但仍答应了他的请求。 完成仪式后，妮特利告诉杰克他需要选择一个女纳威人作为妻子，杰克鬼迷心窍选择告白，于是两人在一起了。杰克退出阿凡达后自言自语：我tm到底在干什么？