上一部结尾,尼奥(基努·李维斯饰)终于意识到自己的能力和使命,中弹复活后,变成了无所不能的“救世主”,他和女友崔妮蒂(凯瑞-安·莫斯饰),舰长墨菲斯(劳伦斯·菲什伯恩饰)回到了人类的基地锡安,受到人们的热烈欢迎。  此时,“母体”决定先下手为强,派出了两万五千只电子乌贼攻击锡安基地;墨菲斯、尼奥和崔妮蒂则再次进入“母体”,寻找“制钥者”,准备从内部破坏;而本该被尼奥消灭的特勤史密斯似乎出了点问题,脱离了“母体”的控制,拥有可怕的复制能力,阻碍尼奥他们的行动。
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